Όταν υποψιαζόμαστε μολυσματική κερατίτιδα, πρέπει να γίνει λήψη υλικού από την πάσχουσα περιοχή του κερατοειδούς για να γίνει καλλιέργεια και να αναγνωριστεί ο παθογόνος μικροοργανισμός που προκάλεσε την μόλυνση.
Αμέσως μετά την λήψη, ο Οφθαλμίατρος θα αρχίσει άμεσα αγωγή βάσει της κλινικής εικόνας, έως ότου βγουν τα αποτελέσματα της καλλιέργειας, οπότε και η αγωγή θα τροποποιηθεί ανάλογα.
Η θεραπεία για τον ασθενή που πάσχει από  μολυσματική κερατίτιδα, διαφέρει ανάλογα με την αιτία.
Αναλυτικά:

Βακτηριακή κερατίτιδα
Η έναρξη της αντιμικροβιακής αγωγής πρέπει να είναι άμεση και περιλαμβάνει την τοπική χορήγηση ενισχυμένων αντιβιοτικών σταγόνων. 
Επικουρικά μπορεί να χρησιμοποιηθούν κυκλοπληγικά και σε ορισμένες περιπτώσεις κορτικοστεροειδή σε δεύτερο χρόνο.

Ερπητική κερατίτιδα
Η θεραπεία γίνεται με αντιϊκά φάρμακα (ακυκλοβίρη, βαλακυκλοβίρη, γανκυκλοβίρη), σε τοπικές αλοιφές ή από το στόμα, ανάλογα με την μορφή και την βαρύτητα της κερατίτιδας.
Σε περίπτωση στρωματικής ή ενδοθηλιακής προσβολής, χορηγούμε αντιϊκά χάπια σε συνδυασμό με κορτιζονούχα κολλύρια και η διάρκεια της θεραπείας είναι παρατεταμένη (εβδομάδες ή ακόμα και μήνες, ανάλογα με την ανταπόκριση και την συχνότητα των υποτροπών.
Σε βαριές περιπτώσεις υποτροπιάζουσας ερπητικής στρωματικής κερατίτιδας, μπορεί να δημιουργηθεί μη αναστρέψιμη θόλωση και ουλή κερατοειδούς και να χρειαστεί μεταμόσχευση κερατοειδούς για την αποκατάσταση της όρασης.
Διαβάστε περισσότερα για την μεταμόσχευση εδώ >

Μυκητιασική κερατίτιδα
Η θεραπευτική αντιμετώπιση περιλαμβάνει τη χρήση τοπικών αντιμυκητιασικών κολλυρίων καθώς και τη λήψη συστηματικής αγωγής με αντιμυκητιασικά χάπια. Σε περίπτωση μη ανταπόκρισης, μπορεί να χρειαστεί μεταμόσχευση κερατοειδούς για την αντιμετώπιση της μόλυνσης και την αποκατάσταση της όρασης.

Κερατίτιδα από Ακανθοαμοιβάδα
Η διάγνωση απαιτεί τη λήψη ξεσμάτων του κερατοειδούς ώστε να γίνουν οι κατάλληλες χρώσεις και καλλιέργειες για την ταυτοποίηση του παθογόνου μικροοργανισμού και την επιλογή της κατάλληλης αγωγής. Χρήσιμες στη διάγνωση είναι και κάποιες απεικονιστικές μέθοδοι (confocal microscopy, OCT κερατοειδούς)
Η έγκαιρη διάγνωση και έναρξη σωστής αγωγής, είναι εξαιρετικά σημαντική στην περίπτωση μόλυνσης από ακανθαμοιβάδα, γιατί σε προχωρημένα στάδια  η ανταπόκριση στη θεραπεία είναι περιορισμένη.
Η θεραπεία περιλαμβάνει συνδυασμούς ισχυρών αντιπαρασιτικών κολλυρίων (PHMB, Hexamidine, Propamidine, Chlorhexidine). 
Σε κάποιες περιπτώσεις η βλάβη είναι μη αναστρέψιμη και ο ασθενής πρέπει να οδηγηθεί σε μεταμόσχευση κερατοειδούς στην προσπάθεια αντιμετώπισης της λοίμωξης και αποκατάστασης της οράσεως. Διαβάστε περισσότερα για την μεταμόσχευση εδώ >