Ένα Κερατοειδικό έλκος απαιτεί άμεση θεραπεία, γιατί ο κίνδυνος διάτρησης του κερατοειδούς και επέκταση της φλεγμονής εντός του οφθαλμού, είναι μεγάλος.

Η θεραπεία είναι επιθετική και περιλαμβάνει τοπικά αντιβιοτικά σκευάσματα, καθώς και αντιϊικά ή αντιμυκητιασικά φάρμακα.

 
Ο Οφθαλμίατρος μπορεί να χορηγήσει συμπληρωματικά στον ασθενή στεροειδείς οφθαλμικές σταγόνες για τη μείωση της φλεγμονής, καθώς και αναλγητικά για την διαχείριση του πόνου. 

Αν ένα κερατοειδικό έλκος, οφείλεται σε παθήσεις των βλεφάρων (τριχίαση, εντρόπιο, εκτρόπιο), τότε ο θεράπων Οφθαλμίατρος, θα αντιμετωπίσει σε δεύτερο χρόνο και τις συγκεκριμένες παθήσεις.

Στην περίπτωση που ένα προχωρημένο έλκος τραυματίσει μόνιμα τον κερατοειδή και προκαλέσει διάβρωση και ουλές, τότε θα χρειαστεί μεταμόσχευση του κερατοειδούς (διεισδυτική κερατοπλαστική), και αντικατάστασή του με ιστό δότη.